Timbalannya, Tan Sri Muhyiddin Yassin menguruskan krisis banjir setelah Perdana Menteri Malaysia Najib Razak didapati tidak muncul segera bertindak.[88] Namun, Perdana Menteri kemudiannya menamatkan percutiannya disebabkan kritikan daripada umum apabila beliau dilihat bermain golf dengan Barack Obama di Hawaii, Amerika Syarikat.[89] Sesetengah mangsa menuduh kerajaan lambat memberi bantuan.[44][67] Namun, Najib mengatakan bahawa permainan golf tersebut perlu dalam membangunkan ikatan diplomatik dengan Amerika Syarikat dan acara ini telah dirancang jauh sebelum bencana banjir bermula.[90]

Menteri Besar Kelantan, Dato' Ahmad Yakob, mengatakan bahawa banjir ini berpunca daripada kemurkaan Allah. Oleh itu, kerajaan negeri Kelantan perlu menguatkuasakan hukum hudud, meskipun tentangan hebat terhadapnya.[91] Namun, bangunan perhimpunan negeri di mana kerajaan negeri sepatutnya membincangkan hukum hudud telah digenangi air sejak 25 Disember.[92] Kesannya, kerajaan negeri menangguhkan perbincangan khas ini pada tarikh akan datang.[93] Namun, kerajaan negeri diberitahu untuk membantu mangsa-mangsa banjir terlebih dahulu sebelum memfokuskan terhadap isu hudud tersebut.[94] Sultan Muhammad V Kelantan meminta agar langkah-langkah lebih mesra alam diambil untuk mengelakkan banjir sebegini daripada berulang.[95]

Misi-misi menyelamat sukar dijalankan kerana keadaan cuaca yang tidak tertentu dan kerana sesetengah penduduk enggan berpindah.[66][96] Seorang ketua kampung di Kampung Jimah, Lukut, Negeri Sembilan, telah mencuba untuk menghalau wakil-wakil pembangkang yang ingin memberi bantuan kepada mangsa-mangsa banjir.[97] Dalam peristiwa lain, wakil-wakil pembangkang telah dihalau oleh pihak berkuasa apabila mereka cuba untuk memberi bantuan kepada sebuah pusat bantuan mangsa banjir di Kluang, Johor.[98]

Disebabkan perkara ini, kebanyakan orang awam telah meminta kedua-dua parti kerajaan dan pembangkang untuk bekerjasama, berbanding mempolitikkan semua isu.[99][100]